Il suo nome deriva da un termine del dialetto locale, ''bui'', ovvero fontana. Fu per vario tempo una "corte", concessione imperiale agli ecclesiastici, appartenendo nel IX secolo ai vescovi di Como e, successivamente al vescovo di Coira. Nella seconda metà del '300 partecipò, insieme ad altri paesi della Valtellina, alla rivolta contro i Visconti, diventando poi un feudo della potente famiglia dei Parravicini. La comunità di Buglio viene menzionata nella cronaca del viaggio episcopale del 1589 compiuto in quelle terre dal vescovo di Como. Con una storia abbastanza anonima, viene ricordata soprattutto per le pagine scritte durante la seconda guerra mondiale e legate alla Resistenza.